子宫内膜薄的原因有很多：
有些是由于内分泌失调，导致体内的雌激素、孕激素缺乏，不能促进子宫内膜的生长，比如卵巢功能衰退、卵巢早衰，就会引起子宫内膜薄。长期口服避孕药也会引起子宫内膜薄。还有一些宫腔的感染，比如宫腔细菌性感染、支原体感染、结核感染都会引起子宫内膜薄。还有一些宫腔的手术操作，比如反复多次的人工流产，会导致子宫内膜受到损伤，尤其是子宫内膜的基底层受到损伤的时候就会导致子宫内膜过薄。
还有一些不良的生活习惯，比如经常熬夜，会引起内分泌失调，会导致子宫内膜薄。子宫内膜薄会导致月经量减少，也会引起不孕。