造成子宫内膜薄的原因是很多的，一方面有可能是内分泌失调引起，另外一方面也有可能是子宫内膜本身的病变导致。
内分泌失调常见的有：体内的雌激素水平比较低，因为雌激素能够促使子宫内膜的生长，当女性出现雌激素比较低的情况就会导致子宫内膜长不上来，这样子宫内膜就会变薄，这样的女性大多见于更年期或者是绝经后的女性。
如果女性体内的雄激素水平比较高或者泌乳素水平比较高，以及甲状腺功能低下，这些都会导致子宫内膜薄，导致月经来的量减少。生理性的子宫内膜薄大多是由于子宫内膜遭到损伤引起，比如做过多次的人工流产手术，导致子宫内膜基底层遭到破坏。