低位肛瘘的瘘管位于肛门外括约肌深部以下，可分为低位单纯性肛瘘和低位复杂性肛瘘，低位单纯性肛瘘只有一个瘘管，低位复杂性肛瘘有多个瘘口和瘘管。
高位肛瘘的瘘管行经于肛门外括约肌深部以上，可分为高位单纯性肛瘘和高位复杂性肛瘘，高位单纯性肛瘘只有一个瘘管，高位复杂性肛瘘有多个瘘口和瘘管。
所以，低位肛瘘和高位肛瘘的区别点，在于主要是看瘘管的行经位置，如果在肛门外括约肌的深部以下就是低位肛瘘，如果在肛门外括约肌的深部以上就是高位肛瘘，此种分类方法临床上较为常用，具体还是应该就诊肛肠科明确诊断。