肛门镜和肠镜之间是有明显的区别的：
1.肛门镜检查的部位比较局限，主要是观察肛门周围的直肠黏膜为主，只能看到肛门内是否存在有肛窦炎、肛裂、痔疮等肛周疾病。而肠镜检查的是整个肠道，包括结肠、回肠和直肠，可查看肠道是否存在有病变，直肠黏膜的状态，肠道黏膜是否有糜烂，是否有肿瘤、息肉等。
2.肛门镜不用麻醉就可以直接操作，做检查之前患者只要排干净大便就可以直接做检查，不用清理肠道。肠镜在做检查前一天，需要服用泻药，清理干净肠道，可以选择麻醉后做肠镜，前一天的饮食要清淡，吃少渣的食物。