肛门指诊和肛门镜检查的区别，在于对病变检查程度不同。
肛门指诊是比较常用的检查方式，操作简单，检查医生佩戴手套，涂抹润滑油以后，就可以进行肛门指诊，能够检查肛门松紧度，是否存在局部硬结、硬块。同时可以检查男性前列腺组织，并且对直肠末端也可以进行检查，对于一些低位的肿瘤病变，在检查结束时可以出现指套染血的症状。
肛门镜检查是在肛门指诊的基础之上，通过肛门扩张，直视状态下能够检查肛门，以及部分肠管是否存在病变情况，检查效果较肛门指诊略好。但是，对于局部组织软硬程度的判断，肛门指诊要优于肛门镜检。