肌腱炎主要的后遗症有疼痛、局部活动受限和肌腱的断裂。
发生肌腱炎以后，局部会有轻微的肿胀和疼痛，尤其是肢体活动的时候症状明显。这种疼痛一般是无菌性炎症引起的，所以可以应用非甾体的抗炎药、热敷、休息等方法，大部分病人都可以得到好转。如果在得病期间得不到很好的休息和治疗，会遗留后遗症，尤其是干累活的时候症状明显。
如果肌腱炎持续时间比较长，会造成肌腱的粘连，会影响关节的屈伸活动，关节活动明显受限。
如果肌腱炎发生在肌腱的止点，持续时间比较长，因为慢性的肌腱牵拉有可能会造成肌腱末端病变，容易造成肌腱的自发性断裂。