近年来的研究表明，乙型肝炎病毒感染后，机体免疫系统的异常反应及乙型肝炎病毒直接对肾脏细胞的侵害，可能是乙型肝炎病毒相关性肾炎发病的主要机制。
一、乙型肝炎病毒抗原与抗体复合物致病。肾组织切片发现，在肾小球的上皮下、内皮下及系膜区均有乙型肝炎病毒抗原和抗体免疫复合物的沉积，且乙型肝炎病毒相关性肾炎的病理类型与这种免疫符合物分子量的大小和电荷有关。提示乙型肝炎病毒相关性抗原抗体复合物在肾内的沉积可引起肾病的免疫损伤。
二、细胞免疫损伤致病：研究发现细胞毒T淋巴细胞可以直接攻击乙型肝炎病毒核心抗原阳性的肾小管细胞，导致肾小管细胞的变性坏死，并进一步通过细胞因子的释放引起肾间质的损伤。
三、乙型肝炎病毒直接感染肾脏细胞治病：由于乙型肝炎病毒DNA存在着较高的基因变异性，使乙型肝炎病毒的亲嗜性发生变异，由嗜肝性病毒转变为嗜肾病毒，从而感染肾脏细胞而致病。