病毒性脑炎大部分病情较轻，临床症状不明显，将来的转归较好，一般是不会遗留有明显后遗症。如果病毒性脑炎较严重的，首先可能会导致颅神经的损伤，表现为视力下降、听力下降、言语不清等。
其次，可以表现为轻度的肢体功能障碍。表现为肢体轻度无力，伴有麻木等不适的症状，严重的患者有可能会导致智能方面受损。
虽然本病有自愈的倾向，而且转归较好，但当发生病毒性脑炎的时候，发病早期还是建议患者应及早地治疗，避免病情加重，导致神经功能受损。