肛瘘的检查方法主要有以下几个：
第一，体格检查。可以通过肛门视诊，看到肛瘘外口的位置而大致判断内口所在的位置，可以通过肛门指诊触及肛瘘内口以及条索状的瘘管。
第二，肛瘘瘘管造影。可以经外口注入造影剂拍片大致判断瘘管的走行，也可以注入造影剂以后行CT检查并且行瘘管重建，可以直观的判断瘘管的数量、位置以及走行。
第三，磁共振检查。是目前肛瘘相对比较准确的检查方法，特别是对于高位肛瘘以及复杂性肛瘘，可以比较准确的在术前判断肛瘘瘘管的数量、走形以及内口的数量、位置。