阴茎根部疼痛一般是由于阴茎根部受到压迫引起，例如睾丸积液或者睾丸囊肿就容易压迫阴茎根部，从而导致阴茎根部疼痛。
另外，精索静脉曲张或者腹股沟斜疝、睾丸疝气人群，由于阴茎根部血管和神经会受到压迫，所以也容易导致出现阴茎根部疼痛症状。
阴茎根部疼痛还和输精管或者尿道梗阻，压迫阴茎海绵体有关。所以建议做尿道和输精管，包括腹部超声检查明确具体病因，然后积极给予治疗。治疗期间建议避免压迫阴茎，避免同房，否则会影响阴茎疼痛症状恢复。