阴茎根部疼痛多考虑可能为泌尿生殖系统感染所引起，常见于精囊炎、膀胱炎、尿道炎或前列腺炎等疾病。由于炎症的刺激作用，容易引起阴茎根部疼痛，同时还可伴有尿急、尿频等不适表现。
也可能为泌尿系统疾病所引起。常见于泌尿系统结石，特别是尿道结石，当结石在尿道口部位发生嵌顿时，容易对尿道口以及阴茎根部产生强烈的刺激，进而引起阴茎根部疼痛，还可伴有尿道口刺痛。
也可见于泌尿系统肿瘤。比如膀胱肿瘤、前列腺癌、尿道肿瘤等，当病变对病人的盆腔神经丛、盆腔静脉丛以及阴茎神经造成侵犯时，便可引起阴茎根部疼痛。