间质瘤良性和恶性的标准，要通过病理组织学检查才能确定。
一般情况下，胃、食道及直肠的间质瘤，恶性得比较低，而小肠、结肠的恶性程度比较高。多数情况下，胃部的间质瘤大于5cm多是恶性的。小肠的间质瘤小于2cm，一般是低度恶性，2~5cm属于中度恶性，并且间质瘤的位置、大小及患者的年龄和预后息息相关，其中食道的间质瘤预后最好，而小肠、结肠的间质瘤预后最差。
当发现间质瘤后，要积极进行检查，明确类型后，在医生指导下选择合理的治疗方案及时治疗。