结肠间质瘤良性的主要是平滑肌瘤，一般来源于结肠肌层的黏膜下肿瘤。肿瘤具有明显的界限，可向肠腔生长，成单个隆起。
良性的结肠间质瘤包膜完整，表面一般平整，但易发生糜烂、溃疡和出血，也可向浆膜面生长，从肠壁面处突出，腔外形比较多，肌瘤大多比较大，中央区可出现坏死、出血，当大到一定程度可压迫肠腔，引起梗阻，有时也会引起肠套叠或者肠扭转，甚至穿孔。部分患者可以在腹部摸到包块，平滑肌瘤有恶变率大约占15%。
治疗仍然以手术治疗为主。术中应结合快速冰冻切片，加以确诊。如果是良性的，只要单纯的行局部切除就可以。