结肠间质瘤归属于胃肠间质瘤的范畴，是独立起源于结肠原始间质干细胞的消化道间叶组织性肿瘤，根据组织学可分为良性、潜在恶性以及恶性。
其中良性的和潜在恶性的。如果早期发现行手术治疗可以完全治愈；而恶性的间质瘤即使通过手术切除，部分患者也会在术后导致复发，甚至有些患者并无法切除，而且其对放化疗均不是很敏感，愈后不良，5年的生存期低于35%。
目前在临床上，甲磺酸伊马替尼是针对此疾病的分子靶向药物，疗效比较突出，控制肿瘤效果良好，目前已列入国家医保。