宝宝做核磁共振检查没有什么危害。
因为核磁共振是利用体内的氢原子核在外加磁场的作用下运动而进行成像的，对人体没有任何的损伤，属于一种安全又无创的影像学检查方式。但是由于做核磁共振检查的时间比较长，它又要求患者在检查的过程中保持静止不动的姿势，宝宝是很难完成的。
所以要在检查之前对宝宝做镇静处理，可以口服或者是灌肠给一些镇静的药，让孩子进入深睡眠的状态再进行检查。核磁共振对宝宝头部的疾病检查的效果还是比较好的。而且正是因为它对人体没有损伤的特点，所以才更适合于对宝宝进行相关的检查。