宝宝做核磁共振检查没有什么影响。因为核磁共振检查主要是利用外加磁场对头部进行扫查，是一种相对安全的检查方式。
只要在检查的过程中，医生操作符合规范，患者又符合适应证，就完全没有问题，而且相对于CT检查，核磁共振对宝宝更加安全一些。
很多宝宝如果怀疑有颅内的病变，一般都会首选做核磁共振检查，但是由于宝宝不能够配合医生长时间保持不动，所以在进行检查之前，一般都会对宝宝进行镇静处理，比如通过肛门进行灌肠，但是有极少数的宝宝有可能会发生过敏反应，就可能会对宝宝产生不利的影响。但是由于发生这种情况的几率是比较低的，所以相对还是安全的。