做电子肛门镜一般情况下是不会出现疼痛，但是肛门局部会出现有坠胀的不适感。
因为做电子肛门镜之前，局部肛门镜会涂抹石蜡油，可以起到润滑的作用，只要患者不要过于紧张，放松肛门括约肌，轻轻地插入肛门镜不会导致局部出现疼痛。但是如果本身存在有肛裂或者肛周脓肿，以及痔疮在急性发作期时，因为这些肛肠疾病本身就疼痛，当插入肛门镜时会摩擦局部引起疼痛。
另外，如果患者心情过于紧张，导致肛门括约肌过度收缩，如果把肛门镜插入肛门就会引起疼痛。