电子肠镜检查并不包括肛门，电子肠镜检查主要检查大肠，包括升结肠、横结肠、降结肠、乙状结肠和直肠。
在检查过程中，需要先将肠镜探测到回盲部，然后边退内镜边检查肠壁。在退内镜过程中，有可能查看到肛门部位。但是，对于肛肠科病变的确诊率不如肛门镜。肛门镜检查是通过扩张肛门，对肛管以及低位直肠进行检查，能够更直观地明确肛肠科病变。电子肠镜检查，对于肛肠科病变的检查优势不如肛门镜。
因此，应该结合患者病史、临床症状，分析可能病变情况，然后选择相应的检查项目。