肛门镜检查主要是有异物感、胀痛，不会太疼，在可以忍受范围之内。
做肠镜的操作过程是把肠镜经过润滑之后，轻轻缓慢的从肛门口进入到直肠部位，会使患者产生有异物感饱胀，不舒服。但如果存在有肛门裂伤或者痔疮充血、水肿较为严重的患者，充血部位会受到挤压，出现疼痛，患者可放松心情，肛周肌肉放松。这种疼痛感会较轻微，在做完肛门镜后，异物胀满感、排便感会逐渐消失。
因此，肛门镜检查时是不会出现疼痛的，不要过于紧张，只要配合医生放松做检查即可。