肛门有点疼，要根据引起肛门疼的具体疾病做相应检查。常见的是患了肛窦炎，肛门有烧灼疼痛或刺痛，排便时粪便刺激使疼痛加重，可做肛门指诊，触及肛管内肛窦处温度增高，可触及硬结并有压痛。还要进行肛门镜检查，肛门镜下可见肛窦处充血、发红、水肿，表面有脓性分泌物。
还可能是患了肛裂，肛裂会在肛管处形成裂口或溃疡，裂口或溃疡内神经末梢受到刺激产生疼痛。肛裂需要做肛门视诊检查，将肛门皮肤向两侧分开，肛管处可见裂口和溃疡，还可看到肛乳头肥大和前哨痔。
肛裂一般不宜做肛门直肠指诊和肛门镜检查，以免引起难以忍受的疼痛。如果需要做检查，可在局麻下进行肛门指诊和肛门镜检查。