新型冠状病毒核酸检测原理是荧光定量聚合酶链式反应PCR。
因PCR反应模板仅为DNA，所以在PCR检测前，提取标本中的RNA，利用逆转录酶把新型冠状病毒RNA逆转录为DNA，同时加入根据相关序列设计好的新型冠状病毒特异性上下游引物。
如反应体系存在新冠病毒的靶序列，则进行DNA扩增，发出荧光。每扩增一条DNA链，就有一个荧光分子产生。最终根据荧光定量分析DNA的浓度，来判断是否感染新型冠状病毒以及新型冠状病毒的浓度。