新冠病毒核酸检测主要的原理就是通过取得咽拭子样本之后提取RNA，在样本中加入引物四种核苷酸、酶等一些试剂，进行DNA序列扩增。
如果样本中含有病毒，合成反应可以再继续下去，DNA也能合成出来。通过荧光染料的结合可以激发出荧光，通过仪器可以看到荧光现象。如果没有新型冠状病毒不可以找到结合位点不能合成DNA，也不能看到荧光。
确诊新冠病毒是需要结合临床症状、血常规、胸部CT放射检查等，通常需要初步诊断后再进行做新型冠状病毒核酸检测。