手术后反流性胃炎也会有很多的后遗症，主要的还是针对消化系统以及呼吸系统出现的并发症。如患者出现慢性喉炎是由于消化液的反流刺激咽喉部，时间长了会导致喉炎的产生，患者会有咳嗽以及异物感，还会出现支气管炎，甚至导致吸入性肺炎比较严重的并发症。
当然也会导致消化系统的障碍，如出现食欲的减退、消化能力的下降等。经常的胃酸对于黏膜的刺激，产生消化性溃疡的疾病也是有的，甚至时间长的诱发胃癌的可能性也是非常大。所以，手术后反流性胃炎的后遗症，也是有一定的危险性的。