偏头疼的主要与以下几种头痛相鉴别，
第一呢是丛集性头疼，
第二是紧张性头痛，
第三是非偏头痛性血管性头疼。我们先说一说丛集性头疼，它又称为组胺性头疼，男性患者多于女性，而且患者大多都没有家族史，临床比较少见，其发病机制不同于偏头疼，头疼通常是每年一次或两次在春季和秋季发作。群集期通常持续3-6周，有较长的一个缓解期，发作频度从隔日一次是每日数次。每次头疼发作持续数10分钟至两小时。发作常有规律地在同一时间出现，头疼往往在夜间入睡后突然发作而无先兆，疼痛多位于一侧眼眶或球后、额颞部，为尖锐剧痛，痛处皮肤发红、发热，痛侧常有结合膜充血、流泪、鼻溢，不伴有恶心、呕吐，多数患者在痛侧出现眼结膜充血，面部发热和潮红，可伴有Horner征，服用血管扩张剂以及精神过度紧张可诱发。第2个需要鉴别的就是紧张型头疼，以前呢，我们称为肌收缩性头痛，神经性头疼，功能性头疼，它是慢性头痛中最常见的一种，主要分为原发性与继发性两种类型，前者主要是由于精神因素或职业的特殊头位而引起的头颈部肌肉持续性收缩所致，而后者呢，是在头颅，五官，颈椎等疾病的基础上发生的。头疼部位呢，大多位于双颞侧、额顶、枕部或全头部，可扩散至颈、肩、背部，头疼性质的呈压迫、束带感、麻木、胀痛和钝痛，虽有时可影响日常生活，但很少因疼痛而卧床不起，头痛可呈发作性或持续性。可伴焦虑、失眠，很少伴恶心、呕吐，畏光和畏声，在紧张、焦虑、烦躁和失眠的情况下头疼可加重，体检没有明显的阳性体征，偶可见的头颈部及肩背部的肌肉僵硬。
第三呢，是非偏头疼性的血管性头疼，脑动脉硬化的患者因局部的脑血流量减少，可发生缺血性疼痛，但是一般不剧烈，无恶心、呕吐，高血压患者时有额、枕部搏动性头痛，测量和控制血压有助于诊断。巨细胞动脉炎多见于中老年，所致疼痛非发作性，颞浅动脉常有曲张、局部压痛，血沉加快。以上呢就是偏头疼的主要鉴别诊断。