真菌性脑膜炎和结核性脑膜炎的区别，主要是病原体不同以及治疗手段不同。
真菌性脑膜炎的病原体是真菌，而结核性脑膜炎的病原体是结核分支杆菌。此外，真菌性脑膜炎的治疗，主要是给予抗真菌的药物治疗，而结核性脑膜炎的治疗主要是抗结核的药物治疗。
对于真菌性脑膜炎和结核性脑膜炎，二者有着比较相似的临床症状以及脑脊液检查。因此，通过症状表现或者脑脊液检查，是无法完全判断真菌性脑膜炎和结核性脑膜炎的，需要结合细菌学的培养明确病原体，才能够完全区别真菌性脑膜炎和结核性脑膜炎。