胃肠道间质瘤鉴别诊断需要与其它消化道的肿瘤进行鉴别，比如胃癌、淋巴瘤、平滑肌瘤等。
因为症状都有相似的地方，比如会出现腹部包块、穿孔、出血。可以做胃镜和肠镜、腹部彩超以及增强CT就可以明确诊断，比如在胃镜下会表现为不规则的溃疡和胃部僵硬。
如果是胃肠道间质瘤会表现为边界有不规则的隆起，胃壁不会出现有坚硬的情况。淋巴瘤、胃平滑肌瘤通过影像学检查，可以进行明确鉴别诊断，也可通过病理学活检就可以与其它恶性肿瘤鉴别。