巴雷特食管可以通过手术治疗、药物治疗、预防和治疗等对症治疗。巴雷特食管病主要是由胃食管反流病引起的继发性疾病，因此广谱抗生素、质子泵抑制剂、胃肠粘膜保护剂、胃肠动力促进药可联合用药治疗，可保护食管粘膜，减少胃酸分泌，反流加速受损组织的修复。
对于食管疝、穿孔、梗阻等症状的患者，需结合实际情况考虑手术治疗，以及其它综合处理的处理方法，常见的手术方法有食管炎、食管疝和穿孔修补术。
此外对于此类疾病的患者，在日常生活中应尽量保持清淡的饮食，保证规律的工作和休息。