女性卵巢囊肿手术一般不会影响以后的怀孕。
因为卵巢囊肿在手术的过程中一般就是将囊液吸出，将囊肿剥除，一般对卵巢实质的损害不大，对功能影响不大。另外卵巢的自我修复功能比较强，生育功能也比较强，一般对于正常女性卵巢组织，只要剩余正常组织的1/3左右，就完全可以完成其生育功能。
所以女性做完卵巢囊肿手术，只要术后恢复好，卵巢周围没有发生粘连，排卵正常，其它的内分泌激素、子宫都正常，一般是不会影响其生育的。