卵巢囊肿手术对怀孕是否有影响要看囊肿的大小，一侧还是两侧，手术是切除还是剥除都是有关的。对于一侧的卵巢囊肿，卵巢囊肿不是很大，卵巢中有很多正常卵巢皮质，术中行卵巢囊肿剥除术，术中尽量不使用电凝、电刀等破坏卵巢的功能，基本上手术后对怀孕的影响不大的。正常女性一侧卵巢功能正常就可以正常怀孕。
但是对双侧卵巢囊肿，尤其囊肿比较大，而且卵巢没有功能，行一侧卵巢切除，术后监测卵泡发育欠佳，那就对以后的怀孕还是有很大的影响。
所以在卵巢囊肿手术当囊肿有5厘米就手术治疗，主要是为了避免继续增大影响卵巢功能，卵巢手术尽量不用电刀等减少卵巢功能受损。