肛门肠镜检查一般不会疼痛。
尤其是做无痛肠镜时，检查之前需要静脉注射麻醉药物，在检查的过程中，都不会出现疼痛感。如果做的是普通的肠镜检查，可能会出现轻微的牵拉反应，引起腹部胀痛，但是这种胀痛感不会很剧烈。大部分人都可以忍耐，检查之后这种不适感很快就可以消失。
在做肠镜过程中，有时候会对肠道的黏膜造成刺激，肠道受到损伤，引起大便有点带血，检查后也会很快恢复正常。肠镜检查后，饮食要吃清淡容易消化的食物，避免辛辣刺激的食物摄入。