房颤会导致血栓栓塞，尤其有很高的脑栓塞的发生率。心房颤动的患者，由于心房失去了有效的收缩和舒张，导致血液容易在心房内发生血流淤滞，从而容易引起附壁血栓，特别是在左心房、左心耳部，发生附壁血栓的风险特别大。
附璧血栓如果脱落，可以随血流进入外周动脉而造成血栓栓塞。特别是进入颅内动脉可栓塞颅内血管，引起脑栓塞的发生而产生严重的后果。
对于房颤的患者，需要长期给予口服抗凝药物进行抗凝治疗，以防止发生外周动脉的栓塞，尤其是发生脑动脉栓塞。