新生儿肛门直肠闭锁是可以进行一定程度预防的，主要是做好孕前及孕期的饮食、护理和孕检等方面。
先天性的肛门直肠闭锁是发病率最高的消化道畸形，是因为胚胎时期肠道在管化的过程中发生了异常，具体的发病机制尚未完全明确，但与孕期接触有毒化学物质、精神心理因素、饮食因素以及遗传等因素相关。
因此，想要预防先天性的肛门直肠闭锁，首先孕前要适量运动，增强体质，加强营养储备，孕前三个月开始服用叶酸，避免接触有毒化学物质。孕期要放松心情，摄入足够以及均衡的营养，定期进行产检。