肛门直肠闭锁先经儿科查体，再到肛肠外科行相关检查。明确肛门直肠闭锁的类型，再进行针对性的治疗。
先天性的肛门直肠闭锁是一种比较常见的消化道畸形，发病率占消化道畸形的第一位。正常的流程是产妇住在妇产科进行分娩，新生儿出生后第一时间，会有儿科的大夫对新生儿进行常规的查体。若查体发现新生儿会阴部无肛门或者疑似畸形，会进行观察或者直接请肛肠外科会诊。若新生儿24小时内无胎粪排出，则一般考虑为先天性的肛门直肠闭锁。
肛肠科会对新生儿进行相关的检查，明确闭锁的类型，从而进行手术治疗。