肛门直肠闭锁若治疗及时，不会对新生儿的寿命产生影响。若不及时治疗，有可能早期产生肠梗阻的症状，会危及新生儿的生命。
先天性的肛门直肠闭锁患儿会阴部无肛门，24小时之内无胎粪排出，通常也可伴有膀胱及生殖器瘘等畸形，会引起食欲不振、恶心呕吐、腹痛腹胀等肠梗阻症状，若不及时解除梗阻，新生儿会因为过度消耗而引起死亡。
手术是唯一有效的治疗手段，术后应积极的预防切口感染等并发症，通常术后效果比较好，对患儿的寿命没有影响。