在原发性胆汁性肝硬化中，最明显的损伤器官是肝脏。因此，必要的检查是肝脏生化检查，可能导致转氨酶和胆红素升高。
如果在黄疸期，就会出现黄疸。生化指标变化为GGT明显升高，黄疸前可出现症状，是一种特异性变化。
此外，90%以上的原发性胆汁性肝硬化患者抗线粒体抗体阳性，尤其是抗线粒体抗体Ⅱ型，也是原发性胆汁性肝硬化的一种特异性的病变。只有少数患者抗线粒体抗体呈阴性。它还可以检查Sp100、gp200等指标帮助诊断。