IgA肾病是一组临床综合征，目前尚无特异性治疗方法。其治疗原则主要是对症治疗，减少肾脏的损伤，保护肾功能。在具有明显的粘膜感染时可以用抗生素治疗，对肉眼血尿反复发作的患者，行扁桃体切除术有一定的效果，去除食物中谷蛋白的成分可以减少系膜IgA沉积。
对单纯镜下血尿，则建议每3个月进行尿常规、肾功能的随访以观察血尿情况，是否合并蛋白尿，是否有肾功能下降的趋势和情况，如果出现持续性蛋白尿或肾功能减退，则采取常规的激素治疗方案，对减少尿蛋白和长期保护肾功能是有益的。