最近由于对hiv感染发病机制的了解，和新的抗逆转录病毒药物的出现，使hiv感染的治疗已经发生了很大变化。所有抗逆转录病毒药物均可用于儿童病例。目前使用抗病毒药物的指征，包括年龄在1岁以内的患儿，无论其临床免疫学或者病毒负荷情况；对于年龄大于1岁的患儿，没有临床症状，除非能明确其临床疾病进展的危险性极低，或者存在其他需延期治疗的因素，也主张早期治疗。
抗病毒治疗中，
第一大类是核苷类逆转录酶抑制剂，如齐多夫定、二脱氧肌苷、拉米夫定和司坦夫定。这类药物可以抑制hiv的复制和转录。
第二类是非核苷类逆转录酶抑制剂，如奈韦拉平，地拉韦定。
第三类是蛋白酶抑制剂，如沙奎那韦，地拉韦定、奈非那韦和利托那韦。但用一种药物治疗效果差，目前提倡两种以上药物联合治疗。