萆薢的毒性主要是肝肾毒性，长期大量服用可导致肝肾损伤或者肝肾衰竭，副作用主要是会使血糖升高。
肾虚阴亏者服用萆薢，可能会导致阴虚、精滑甚至元气下陷，可出现射精不能、小便频数且增多、大便引急滑利；孕妇服用本品可导致胎源不固。
萆薢的禁忌如下：肾虚阴亏者不宜服用；下焦无湿热、阴虚火旺、小便淋沥、肾虚腰痛、遗精滑精者不宜用；儿童、孕妇慎用；萆薢不宜与葵根、大黄、柴胡、牡蛎、前胡等药物共同使用，服药期间忌茶、醋。