如果患者感染了嗜水气单胞菌，大部分呈急性的胃肠炎的表现，可以暂时不用抗生素进行治疗，因为大多呈自限性。
如果患者出现了肠道外的感染，或者病情比较严重，并伴有基础性的疾病，治疗药物常采用妥布霉素、甲氧苄啶、庆大霉素或者诺氟沙星等药物进行治疗。如果患者出现了外伤的感染，皮肤很有可能会出现溃烂的表现，就要积极的进行抗感染的治疗，并且应该注意不要接触水，防止再次发生感染，引起更严重的后果。
如果患者有局部病灶感染，要考虑切开排脓或者抽取脓液，本病预后比较好，不过有些患者如果肠道外的疾病比较严重，或者有严重的慢性疾病，预后往往不太乐观。