嗜水气单胞菌感染的病程，在临床上具有自限性，如果没有其它并发症，可在二到五天自愈。如果患者本身存在基础疾病，并且发生了严重的腹泻，大概需要一到两周治愈。
嗜水气单胞菌感染的患者，常见的临床表现主要有腹痛、腹泻、发热、水样便、咳嗽、咳痰、溃疡、伤口感染等。如果患者为两岁以下的孩子，可出现痢疾相关的症状。
临床上常采取的治疗药物为妥布霉素、庆大霉素、甲氧苄啶、诺氟沙星等药物进行治疗。如果患者出现了局部感染病灶，应该及时进行切开排脓以及抽吸脓液等治疗。由于该病可经水传播，因此在日常生活中一定要注意，将水彻底煮沸杀菌之后再喝。