治疗嗜水气单胞菌感染可以使用氨基糖苷类抗生素，常用的药物有庆大霉素等。
氨基糖苷类抗生素可以有效的杀灭嗜水气单胞菌，减轻患者的症状。对于感染嗜水气单胞菌的患者还可以给予磺胺类、喹诺酮类的抗生素，也对嗜水气单胞菌感染比较敏感，临床上可以根据患者的病情特点选择合适的抗生素。
嗜水气单胞菌可以导致患者发生肠道感染，轻度感染的患者不需要抗炎治疗，严重感染的患者需要抗炎治疗。嗜水气单胞菌还可以导致皮肤感染，严重的可以导致败血症，严重感染的患者要及时给予抗炎治疗。