大便后肛门疼痛一般需要通过药物治疗，或者通过手术进行治疗。
大便以后肛门如果有疼痛的发生，首先是到肛肠科做肛门局部的检查明确诊断。如果是由于肛裂所引起的便后肛门疼痛，一般会建议患者进行药物的保守治疗。可以使用稀释的高锰酸钾溶液、苦参洗剂等药物做肛门局部的泡洗，同时配合复方角菜酸酯乳膏或者是硝酸甘油软膏等药物，促进肛裂裂口的愈合。如果裂口比较深，发展到了陈旧性肛裂阶段，可以考虑通过手术治疗。
如果肛门疼痛是由于痔疮所引起，可以配合痔疮膏、痔疮栓肛管直肠内给药，改善肛门疼痛的症状。效果不理想的，也可以考虑通过手术进行治疗。