大便之后出现肛门疼痛，要根据引起肛门疼痛的疾病进行相应的治疗。
常见的是患了肛裂，排便后粪便刺激肛裂裂口，出现肛门刀割样或撕裂样疼痛。便后可用高锰酸钾进行肛门熏洗坐浴，外敷硝酸甘油软膏，将痔疮栓塞入肛门内，疼痛会得到缓解。
大便后肛门疼痛，还有可能是痔疮的急性发作，便后内痔脱出肛门外，不能还纳肛门内，会出现肿胀和疼痛。患了血栓性外痔或炎性外痔，排便后也会出现肛门疼痛，便后要进行肛门熏洗坐浴，外用痔疮膏和痔疮栓，可以缓解痔疮引起的肛门疼痛。严重的痔疮，如内痔脱出出现了嵌顿，或者有的血栓性外痔需要手术治疗。
患了便秘，排便时干硬的粪便，通过肛门时过度撑开肛管，便后也会出现肛门疼痛，便秘要口服缓泻剂进行缓解。