轮状病毒性肠胃炎的治疗药物有抗病毒药物以及胃肠粘膜保护药物，同时也需要使用止泻药物。
临床当中比较常用的药物有利巴韦林、蒙脱石散、抗病毒口服液、肠康片、双歧杆菌等。如果有继发细菌感染时，还需要用消炎药物，比如肠炎宁片、肠炎宁颗粒、诺氟沙星胶囊、黄连素片等。
药物间的联合使用需要根据医嘱执行，比如蒙脱石散需要避免与双歧杆菌等益生菌类的药物同时服用，否则有可能会导致药物失去治疗作用，不利于疾病的恢复，同时要多喝水。