现代医学认为溃疡性直肠炎是一种自身免疫性疾病，还有少部分人认为与病原体感染有关，还可能与遗传有关。因为经调查发现，溃疡性直肠炎的病人直系亲属中约有10%到30%的发病率，而且精神因素在发病中有一定的作用。
此病可逐渐或突然发病，大部分人会反复发作；少部分人首次发作后症状长时间缓解；而一部分人则症状持续，病情会一直活动而不缓解，所以此病不可治愈。
治疗本病没有特效药，而且治疗起来时间长，一般不少于三个月，在取得疗效后，应长时间随访并进行维持治疗，甚至是终身服药，以防复发。