发现直肠溃疡后，首先要明确或者查找病因，然后根据病因再进行针对性的治疗。
直肠溃疡可以由很多原因引起，不同原因引起直肠溃疡的症状及预后各不相同。当直肠受到粪便划伤后可能会继发细菌感染，形成直肠溃疡。这种类型的溃疡通常比较局限，并且很快便能够愈合，不会遗留后遗症。
溃疡性直肠炎通常是由于免疫及精神因素引起，病程及治疗周期长，治愈后容易反复发作，需要严格的生活饮食干预。部分直肠溃疡可以形成恶性改变，需要及时的手术治疗，否则可能会危及生命。