查体发现重度直肠溃疡后，首先明确溃疡的性质进行中药灌肠、口服抗感染药物，必要时可进行免疫以及手术等治疗。
重度的直肠溃疡通常会引起肛门里急后重感以及粘液脓血便等症状，通常为慢性病程，疾病持续的时间较长容易反复发作。当查体发现直肠溃疡时首先要取病理，明确溃疡性质。
如果为普通的溃疡可以采取抑制免疫反应，口服抗生素、抗感染治疗，配合中药保留灌肠或者抗生素以及激素类药物灌肠等综合治疗，多数患者症状可好转或痊愈。当溃疡的性质为恶性肿瘤时需及时行手术治疗。