粟丘疹和扁平疣的区别在于发病的原因以及临床的症状，在治疗方面也是有区别的。粟丘疹本身属于皮肤表面出现的一些脂质代谢异常而引发的一些疾病，而扁平疣则是皮肤因接触人类乳头瘤病毒而导致的。
而粟丘疹的表现是一种肉色的或者淡黄色的凸起于皮肤的小丘疹，可密集排列，一般不疼不痒而且没有传染性。而扁平疣则表现为突起于皮肤的扁平样的凸起，个别人群可有轻度的瘙痒，主要是扁平疣在生长过程中对周围组织刺激而形成的，具有接触性传染性。
在治疗方面，粟丘疹只需要选择使用激光或者液氮冷冻去除就可以了，而扁平疣则需要在使用物理手段去除之后，在皮肤表面涂抹防止复发的药物。