寻常疣和扁平疣的区别在于皮肤表面的形态上，寻常疣和扁平疣都是人类乳头瘤病毒感染人体之后引发的一种皮肤增生性改变都具有传染性。
治疗方面也是基本相同，但是在皮肤表面的形态上是不同的，寻常疣好发于手部或脚部等，与外界频繁发生摩擦和接触的部位。而扁平疣则可以好发全身，以颈部、手背、颜面等部位比较多见。
从皮肤形态上，寻常疣主要是一种具有强度较为明显的角化性改变，这种角化性改变用手触摸是比较坚硬的。而扁平疣则是一种突起皮肤的扁平丘疹，这种丘疹角化的程度并不是特别强，表面呈淡黄色或者是肉色。