表皮痣和扁平疣的区别在于发病的原因、皮肤的形态以及治疗手段上。表皮痣主要指的是皮肤表面的表皮内部出现了一些痣细胞，痣细胞出现之后会导致多种形态。而扁平疣则主要是HPV病毒感染人体之后，引发的一种传染性疾病。
从皮肤表面的形态角度考虑，表皮痣可以呈现线状排列的轻度增生，也可以出现成片状排列的表皮凸起，颜色可以呈褐色，一般来说不疼不痒。而扁平疣则是凸起于皮肤的丘疹，可以出现轻度的瘙痒，可以出现在全身任何部位有同形反应，皮肤表面抓破之后会在新的皮肤破损的地方生长扁平疣。
而治疗手段上，比较轻的表皮痣可以涂抹一些阿达帕林凝胶，比较重的表皮痣则需要选择手术。而扁平疣则建议选择激光、冷冻等方式祛除。